Futago Complex mengisahkan kehidupan sehari-hari dua saudara kembar yang memiliki kepribadian sangat berbeda. Satu di antara mereka cenderung introvert dan pemalu, sementara yang lain sangat terbuka dan ceria, yang sering kali menimbulkan konflik dan situasi lucu di antara mereka. Dalam cerita ini, keduanya belajar untuk lebih saling memahami dan mendukung, meskipun sering terjebak dalam kesalahpahaman. Selain fokus pada hubungan mereka, cerita juga mengeksplorasi interaksi dengan teman dan keluarga yang turut memberikan warna pada kehidupan mereka. Konflik kecil dan kejadian sehari-hari menjadi momen penting untuk membangun kedekatan dan menampilkan dinamika unik dari hubungan saudara kembar yang erat dan kompleks.
