Cerita ini berkisah tentang seorang siswa SMA bernama Nene Yashiro yang secara tidak sengaja memanggil Hanako, roh misterius yang menghuni toilet sekolahnya. Hanako ternyata adalah arwah yang dikenal karena mengabulkan permintaan murid-muridnya asalkan mereka siap menghadapi konsekuensi yang datang bersamanya. Bersama Hanako, Nene menemukan berbagai kejadian supranatural yang tersembunyi di balik kehidupan sekolahnya. Seiring berjalannya waktu, Nene dan Hanako menghadapi berbagai makhluk gaib dan mengungkap rahasia kelam yang melintang antar dunia manusia dan dunia roh. Petualangan mereka tidak hanya membawa bahaya tetapi juga menyentuh sisi kemanusiaan yang membuat keduanya semakin memahami arti persahabatan dan keberanian di dunia yang tidak selalu terlihat jelas.
