Iris Zero mengisahkan kehidupan Toru Mizushima, siswa SMA yang memiliki kemampuan unik untuk melihat aura orang lain yang menunjukkan emosi mereka. Namun, meskipun kemampuan ini seharusnya menguntungkannya, Toru justru merasa terkucil karena orang-orang cenderung menghindarinya. Cerita ini berfokus pada perjuangan Toru dan teman-temannya yang juga memiliki kemampuan khusus dalam menghadapi tantangan di sekolah dan kehidupan sehari-hari. Seiring berjalannya waktu, Toru dan kelompoknya menghadapi berbagai masalah mulai dari konflik pribadi hingga ancaman yang lebih besar yang menguji kekompakan dan kekuatan mereka. Dengan bantuan kemampuan Iris mereka, mereka berusaha mengungkap misteri dan menjaga kedamaian di tengah situasi yang semakin rumit di lingkungan sekolah dan sekitar mereka.
