Magia Record mengisahkan seorang gadis muda bernama Iroha Tamaki yang mencari saudarinya yang hilang di kota Kamihama. Kota tersebut penuh dengan gadis-gadis penyihir yang bertarung melawan makhluk jahat bernama Witch menggunakan kekuatan mereka, dan Iroha bergabung dalam perjuangan ini untuk menemukan jawaban dan menyelamatkan keluarganya. Selama perjalanan itu, Iroha bertemu dengan berbagai karakter baru yang memiliki latar belakang dan motivasi unik. Mereka harus bekerja sama menghadapi ancaman yang semakin besar sekaligus mengungkap rahasia kelam yang tersembunyi di balik keberadaan para gadis penyihir dan kota Kamihama itu sendiri.
