Nijigahara Holograf mengisahkan kehidupan sekelompok siswa SMP yang terhubung oleh kejadian traumatis dari masa lalu. Cerita ini berpusat pada misteri hilangnya seorang gadis bernama Arie dan berbagai kejadian aneh yang melingkupi desa kecil mereka. Dengan campuran unsur supernatural dan psikologis, komik ini memperlihatkan bayangan masa lalu yang terus menghantui para tokoh utama. Setiap karakter menyimpan rahasia dan trauma masing-masing yang secara perlahan terungkap, menggambarkan dampak kejadian masa lalu terhadap kehidupan mereka sehari-hari. Alur cerita yang tidak linier dan penuh simbolisme menuntun pembaca untuk menyusuri lapisan-lapisan kompleks dalam hubungan manusia dan misteri di balik peristiwa mengerikan yang pernah terjadi di desa tersebut.
