Perfect Number bercerita tentang Han Jihoon, seorang pria jenius yang hidupnya berubah ketika dia mengalami kematian ayahnya. Ia menerima sebuah surat wasiat misterius yang memaksanya untuk memecahkan teka-teki rumit agar bisa mewarisi kekayaan keluarga. Namun, di tengah upayanya menyelesaikan teka-teki tersebut, ia mulai menyadari rahasia kelam yang tersembunyi di balik kematian sang ayah dan warisan tersebut. Dalam prosesnya, Jihoon bertemu dengan berbagai karakter yang masing-masing memiliki motif tersembunyi. Konflik dan ketegangan berkembang seiring fakta-fakta baru terungkap, memaksa Jihoon untuk menghadapi masa lalu serta pilihan sulit yang tak hanya menyangkut harta, tapi juga keadilan dan kebenaran dalam hidupnya.
