Shinobi Tensei menceritakan perjalanan seorang shinobi legendaris yang mendapatkan kesempatan kedua dalam hidupnya untuk memperbaiki kesalahan masa lalunya. Setelah mengalami kematian yang tragis, ia terbangun di dunia baru dengan kekuatan luar biasa yang harus ia gunakan untuk melindungi orang-orang yang dicintainya dan menghadapi ancaman baru yang jauh lebih besar. Di dunia baru ini, ia harus berhadapan dengan organisasi misterius yang mengincarnya serta berbagai musuh yang menantang. Dalam prosesnya, ia juga belajar arti sejati dari kekuatan, pengorbanan, dan persahabatan yang menguatkan dirinya untuk menjadi shinobi yang sesungguhnya.
