Stealth Symphony mengisahkan tentang Hibiki, seorang pemuda yang hidup dalam dunia di mana seni memiliki kekuatan magis yang luar biasa. Ia bertemu dengan seorang gadis misterius bernama Kahna yang memiliki kemampuan musik yang dapat memanipulasi kekuatan-elemen. Bersama-sama, mereka berjuang melawan kejahatan yang mengancam dunia dengan menggunakan musik sebagai senjata utama mereka. Dalam perjalanan mereka, Hibiki dan Kahna menghadapi berbagai musuh dan tantangan yang menuntut mereka untuk terus berkembang serta memahami kekuatan tersembunyi dalam diri mereka. Cerita ini menyajikan perpaduan aksi dan musik dengan nuansa magis yang menggugah, sekaligus mengangkat tema persahabatan dan keberanian di tengah dunia yang penuh bahaya dan intrik.
